Boa tarde Gabriel,
Essas notas não constam na aba "Signature Error" do monitor de NF-e?
Existe um registro na tabela /XNFE/NFEBAT para essas notas que estão paradas? Se não, tente criar manualmente porém sem informar o campo batchid. Aí essas notas deverão ser capturadas na próxima execução do /xnfe/process_reports.
[]'s
JN