Hola, Massiel.
Lo que estoy suponiendo es que el documento de pago le modificaron el tipo de cambio para que coincidiera con el de la factura. Que la factura la crearon un día, por ejemplo lunes, y el pago el miércoles.
De ser así, es normal que te genere esa partida SAP de diferencia cambiaria, ya que lo que estás viendo (Débito y Crédito en MS) es calculado en base al tipo de cambio del día en SAP y no al tipo de cambio que hayas capturado en el pago, que ese sería para la moneda ME.
Y si activas también la casilla "Visualizar en ME", podrás ver que la partida de la diferencia cambiaria estaría en 0.00.
Revísalo xfa y haber qué te resulta.
Saludos,
JC.